Tiroid hastalıklarının cerrahi tedavisi artık eskisine göre oldukça kısıtlanmıştır. Eskiden, hastada çok miktarda nodül olsa bile belirli koşullara bakılmaksızın cerrahi tedavi öneriliyordu; nodül varlığı cerrahi için yeterliydi. Ancak ilerleyen tıp teknikleri cerrahi tedavi seçeneklerini sınırlamaya başladı. Artık tiroid cerrahisinde belirli koşullar ve endikasyonlar aranmaktadır. Bunların başında nodülün çapının üç santimin üzerinde olması gelir. Bu boyuttaki tiroid nodüllerinin ilaçla tedavi edilmesi neredeyse imkânsızdır; özellikle nodül solid, yani içi sıvı değil, katı ve canlı doku ile doluysa cerrahi endikasyonu daha ön planda değerlendirilir.
Bir diğer cerrahi mecburiyet, ince iğne aspirasyon biyopsisi sonucu ortaya çıkar. Bu yöntemle nodülden alınan örnekler patolojide incelenir ve sonuç kuşkulu veya kötü huylu çıkarsa cerrahi uygulanır. Üçüncü cerrahi endikasyon daha tartışmalıdır; bazı endokrin uzmanları, nodüller belirli ilaç tedavilerine rağmen büyümeye devam ediyorsa cerrahiyi önerirken, bazıları iyi huylu nodüllerde izlemeyi tercih eder. Tartışmanın temel nedeni, özellikle yaş ilerledikçe nodüllerin belirli bir oranda kanserleşme riski taşımasıdır. Bu olasılık bazı doktorları cerrahiye yönlendirirken, bazılarını takip ve izleme fikrine yönlendirir.
Burada önemli olan, endokrin uzmanı ile cerrah arasında fikir birliğine varmaktır. Günümüzde cerrahi karar genellikle üç ana seçenekle sınırlandırılmıştır. Tiroid cerrahisinde çoğu vakada bezin tamamı alınır, ancak her zaman değil; genellikle kanserli vakalar veya tiroidin iki tarafında nodüller bulunan vakalarda, ya da zehirli guatr durumlarında tamamının alınması tercih edilir.