Ülser tedavisinde tıbbi ya da cerrahi yöntemler mümkündür. Ancak ülseri tedavi etmek için öncelikle nedenini ortaya koymak şarttır. Yapılacak gastroskopi ya da endoskopi sırasında mide içinden alınan örnekte Helikobakter pilori isimli mikrobun varlığı tespit edilirse, buna yönelik tedavi uygulanır. Bu tedavi kombine bir yöntemdir; içinde hem antibiyotikler hem de mide koruyucu ilaçlar bulunur. Hatta bu ilaçların birlikte bulunduğu hazır kombinasyonlar da vardır. Bu şekilde ülseri tıbbi olarak tedavi etmek mümkündür.
Eğer bu mikrop yoksa, ülserin ortaya çıkma nedenine yönelik tedavi gerekir. Bunların başında ağrı kesicilerin aşırı kullanımı gelir. Nonsteroid antienflamatuvar ilaçlar uzun süre ve fazla miktarda kullanıldığında midenin iç yüzeyinde ülser ve yaralara yol açabilir. Bu durumda öncelikle bu ilaçların kesilmesi ve mideyi koruyacak destek ilaçların başlanması gerekir. Bu ilaçlar; kolay çiğnenebilir tabletlerden başlayıp, düzenli kullanılan proton pompa inhibitörleri veya antasitler gibi ilaç gruplarını içerir.
Onikiparmak bağırsağında ortaya çıkan ülserlerde de benzer tedavi yöntemleri uygulanır ve genellikle bu tedavi ile ülserler kolaylıkla iyileştirilebilir. Ancak bazı durumlarda farklı yaklaşımlar gerekir. Dört hafta geçtiği halde küçülmeyen ülserler, çevresinden alınan örneklerde yüksek riskli bulgular saptanan ülserler ya da kötü huylu olduğu belirlenen ülserler cerrahi olarak çıkarılmalıdır.
Peptik ülserlerin iyileşmemesi durumunda ihmal edilmemesi gerekir. Bu ülserlerin mide kanserine dönüşme riski göz önünde bulundurulmalıdır. Çünkü erken dönemde tanı konulan mide kanserlerinde tedavi başarı şansı çok yüksektir. Çoğu zaman peptik ülser sanılan ama aslında kanser olan vakalarda da erken tanı hayat kurtarıcıdır.
Sonuç olarak, peptik ülser tanısı konduğunda ilk adım tıbbi tedavi denemektir. Eğer gastroskopi ya da endoskopi sırasında alınan örneklerde kanser saptanmamışsa, öncelikle tıbbi tedavi uygulanır. Ancak tıbbi tedaviye yanıt vermeyen ülserler mutlaka yakın takip altında tutulmalı ve gerektiğinde cerrahi yöntemlerle tedavi edilmelidir.