Anal fistül, makat içinden dışarıya, çevredeki deriye doğru açılan anormal bir yol şeklinde tanımlanır ve tedavide temel amaç bu yolun ortadan kaldırılmasıdır. Bunun için en önemli nokta, fistülün makat içine yani kalın bağırsağın iç kısmına açılan ağzının kapatılmasıdır. Bu ağız kapatılmadığı sürece yapılan hiçbir müdahale kalıcı başarı sağlamaz. Öncelikle fistül yolunun nasıl bir seyir izlediği ve hangi kasların arasından geçtiği görüntüleme yöntemleriyle tespit edilmelidir. Eğer fistül kasların önünden geçiyorsa, fistülotomi denilen, fistül yolunun açılarak iyileştirilmesini sağlayan yöntem oldukça başarılıdır. Ancak fistül kasların arkasından geçiyorsa klasik cerrahide kasların kesilmesi, sonrasında büyük abdest tutamama gibi ciddi riskler barındırır. Bu tür karmaşık fistüllerde seton uygulaması tercih edilir. Seton, fistül yolunun içinden geçirilen özel bir materyaldir ve fistülün daralmasını sağladıktan sonra genellikle dört ila altı hafta içinde yolun lazerle yakılarak kapatılmasıyla tedavi tamamlanır. Burada en önemli nokta, fistülün makat içine açılan iç deliğinin dikiş veya çevreden alınan doku ile kapatılmasıdır. Çünkü iç ağız kapatılmadığı sürece cerrahi başarı sağlanamaz.
